李伟忠教授团队多组学数据分析鉴定肺鳞癌免疫抑制亚型

发布人:张晓红 发布日期:2022-07-15

肺癌是全世界范围内致死率较高的癌种,其常见的组织学类型包括肺腺癌和肺鳞癌。相对于肺腺癌,肺鳞癌由于缺乏靶向治疗的突变位点,所以治疗选择较少。免疫检查点阻断治疗,例如抗PD1治疗,极大地改善了肺鳞癌病人的生存状况,尤其是免疫组化检测PD-L1高表达的病人。然而,仍然有相当一部分病人虽然PD-L1高表达但对免疫检查点抑制剂耐药。目前迫切需要了解其潜在的免疫治疗耐药的分子机制,剖析免疫抑制肿瘤微环境,以识别生物标志物来预测患者的耐药性。

近日,李伟忠教授团队在Genome Medicine (中科院一区,IF:15.266)上发表了题为Identification of a cytokine-dominated immunosuppressive class in squamous cell lung carcinoma with implications for immunotherapy resistance的论文。该研究收集了癌症基因组图谱TCGA(The Cancer Genome Atlas Program)和基因表达数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中的624例肺鳞癌病人的转录组数据及相应的其它组学数据,将来自TCGA的250晚期(ⅡA-Ⅳ)的肺鳞癌病人作为发现集,其余数据作为验证集,鉴定了一个细胞因子主导的免疫抑制亚型。该亚型病人占比大约为30%,其表现为潜在的免疫治疗耐药,而用于预测该类型病人的167个基因也被证实在免疫治疗耐药的黑色素瘤病人中富集。分子特征分析表明,该亚型患者表现出显著的T 细胞耗竭、较高的免疫抑制细胞(M2 巨噬细胞和 CD4 Treg)比例、9 个免疫抑制性检查点(CTLA4、PDCD1、LAG3、BTLA、TIGIT 、HAVCR2 , IDO1 , SIGLEC7和VISTA)共上调,并且抗炎的细胞因子TGFβ 和 CCL18表达增强。基于TCGA多组学数据,该研究将该免疫抑制的亚型与多种组学数据进行关联分析,并构建了高度可视化的肺鳞癌免疫抑制亚型的多组学在线分析平台(http://lilab2.sysu.edu.cn/tex/ & http://liwzlab.cn/tex/),以供研究人员在多种分子水平上探索潜在的免疫治疗耐药机制。

图1:转录组数据分析发现细胞因子主导的肺鳞癌免疫抑制亚型

 

 

总结来说,该研究鉴定了细胞因子主导的肺鳞癌免疫抑制亚型病人,该亚型高表达PD-L1,但对免疫检查点阻断治疗显示潜在的耐药性;同时,多组学水平全面剖析了免疫抑制的肿瘤微环境,为进一步探索PD-L1高表达人群免疫治疗耐药机制和优化免疫治疗策略提供了新的见解。

中山大学中山医学院博士毕业生杨明磊为论文第一作者;李伟忠教授为论文通讯作者。本研究得到国家重点研发计划、国家自然科学基金面上项目、广东省自然科学基金面上项目等经费的支持。

原文链接:https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-022-01079-x

 

(稿件来源:李伟忠教授团队,初审:沈洪燕,审核:周家国,审核发布:张琪)